Το Κρατικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης (Κ.Μ.Σ.Τ.) ιδρύθηκε το 1997 και στεγάζεται στη Μονή Λαζαριστών, ένα παλιό καθολικό μοναστήρι του 19ου αι. στη Σταυρούπολη Θεσσαλονίκης. Ο συγκεκριμένος χώρος αποκαταστάθηκε το 1997 στο πλαίσιο της Πολιτιστικής Πρωτεύουσας, Θεσσαλονίκη 1997 και μετατράπηκε σε έναν σύγχρονο πολυχώρο, όπου πλέον στεγάζονται διάφοροι πολιτιστικοί φορείς.

Το μουσείο καταλαμβάνει από το 2000 την ανατολική πτέρυγα του συγκεκριμένου συγκροτήματος, μετά και από τις απαραίτητες μετατροπές που πραγματοποιήθηκαν ώστε να πληρεί όλες τις προδιαγραφές ενός σύγχρονου μουσείου. Από το 2002, στο Κ.Μ.Σ.Τ. ανήκει και η Aποθήκη Β1 στο Λιμάνι της Θεσσαλονίκης, η οποία ύστερα από κατάλληλες επεμβάσεις μετατράπηκε σε σύγχρονο εκθεσιακό χώρο που φιλοξενεί τις περιοδικές εκθέσεις του μουσείου καθώς και εκθέσεις του Κέντρου Σύγχρονης Τέχνης (Κ.Σ.Τ.Θ.) , αυτοτελούς τμήματος του Κ.Μ.Σ.Τ.

Πυρήνας των συλλογών αλλά και των εκθέσεων του μουσείου αποτελεί η περίφημη Συλλογή Κωστάκη η οποία αγοράστηκε από το ελληνικό κράτος ύστερα από διαπραγματεύσεις με την οικογένεια του συλλέκτη το Μάρτιο του 2000 και απαρτίζεται από 1.275 έργα τέχνης (πίνακες ζωγραφικής, σχέδια, κατασκευές, πορσελάνες κ.α.) των σημαντικότερων καλλιτεχνών της Ρωσικής Πρωτοπορίας.

Τα χρόνια λειτουργίας του το Κ.Μ.Σ.Τ. έχει αναπτύξει εκτεταμένη εκθεσιακή δραστηριότητα με τη διοργάνωση μεγάλων εκθέσεων, συνεργασίες -συμπαραγωγές εκθέσεων με μουσεία μοντέρνας τέχνης του εξωτερικού και της χώρας, την έκδοση ειδικών καταλόγων και τη διοργάνωση διεθνών επιστημονικών συνεδρίων.

Επιπλέον, από την αρχή της λειτουργίας του, το Κ.Μ.Σ.Τ. έδωσε ιδιαίτερη βαρύτητα και σημασία στην εκπαιδευτική διάσταση του ρόλου του. Οργανωμένα εκπαιδευτικά προγράμματα σχεδιασμένα από το επιστημονικό προσωπικό του μουσείου παρακολουθούν τις σύγχρονες μουσειοπαιδαγωγικές αντιλήψεις και επιδιώκουν να φέρουν τους μαθητές σε επαφή με τη μοντέρνα και τη σύγχρονη τέχνη.

Περνώντας σε μία νέα εποχή, το Κ.Μ.Σ.Τ. επαναπροσδιορίζει το ρόλο του και θέτει νέους στόχους, όπως εξάλλου οφείλει να κάνει ένα μουσείο ενεργό, σε ένα πολιτιστικό δίκτυο επικοινωνίας όπου τέχνη, λόγος, και κυρίως ερωτήματα και απορίες θα φέρουν σε επικοινωνία άμεσους και έμμεσους χρήστες. Στόχος είναι να αναδειχθεί το Κρατικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης σε έναν πλουραλιστικό, ριζοσπαστικό και καινοτόμο φορέα τέχνης και πολιτισμού, ο οποίος εκτός από την διαχείριση και ανάδειξη της ήδη γνωστής συλλογής Κωστάκη, θα συμπεριλάβει στις εκθέσεις και δράσεις του και θα προωθήσει την σύγχρονη ελληνική παραγωγή στο ευρύ δυνατό κοινό, πέρα από γεωγραφικά και κοινωνικά σύνορα.